Storia: La prima presenza dei Cappuccini a Messina risale al 1533, quando fra Ludovico e fra Bernardino da Reggio stabilirono la loro prima residenza nella chiesetta di S. Pelagia, ed iniziarono la costruzione del Convento nella Contrada nominata la Stirpe, accanto alla Chiesa della Madonna di Trapani. Ma per la distanza dall’abitato i Frati si spostarono vicino la Chiesa di S. Giacomo Apostolo, fuori della Porta detta de’ Legni. Anche in questo sito si fermarono pochissimo, scegliendo la collina del borgo S. Leo, dove, a cominciare dal 1553 iniziarono la costruzione del nuovo Convento, con la Chiesa completata nel 1560 e dedicata alla Trasfigurazione di Nostro Signore Gesù Cristo. Negli anni successivi il Convento si ingrandì sempre più, divenendo sede provincializia, sede dell’Infermeria della Provincia, sede degli studi, ed uno dei più grandi Conventi della Provincia. Nel 1574 si celebrò in esso il Capitolo provinciale che sancì la divisione dell’unica Provincia di Sicilia nelle tre Province di Messina, Palermo e Siracusa, così come era stato deciso nel Capitolo Generale di Ancona dell’anno precedente. Il convento si dotò anche di una Biblioteca che, arricchita anche da donazioni, fra cui quella dell’illustre Giurista Mario Giurba, ai primi del 1700 possedeva 4034 volumi. Nel corso del 1700 appare la denominazione della Chiesa: S. Maria della Concezione. 
Nel 1866 anche il grande Convento di Messina venne soppresso; trasformato in carcere femminile, fu poi distrutto dal terremoto del 1908. Attualmente al suo posto sorge l’Istituto “Ignatianum”. Ma tutta la zona circostante mantiene la denominazione originaria: zona cappuccini, poggio cappuccini, via dei Cappuccini, ecc. Con la soppressione del 1866 anche la ricchissima raccolta libraria dei Cappuccini passò alla Biblioteca Universitaria, oggi Regionale-Universitaria. 
Nel 1887 P. Giambattista da Francavilla acquistò uno dei siti più belli della città, la collina dell’Oliveto sul torrente Boccetta, ed ivi venne edificato il nuovo Convento e la Chiesa, dedicata alla Madonna di Pompei.  L’immane terremoto del 28 dicembre 1908, nel quale persero la vita anche 8 frati Cappuccini, procurò ingenti danni alla Chiesa e al Convento; così pure i bombardamenti anglo-americani del 1943. Sia dopo il terremoto del 1908 che dopo la seconda guerra mondiale, la tenacia dei Frati e la devozione dei Messinesi fecero risorgere di nuovo, sempre più belli, la Chiesa della Madonna di Pompei e il Convento dei Cappuccini. La Chiesa attuale, completamente ristrutturata, è stata inaugurata e consacrata nel 1951; nel 1959, con Rescritto della Congregazione dei Religiosi, è stata approvata come Santuario mariano. All’interno di essa si trovano raffigurati i 15 misteri del Rosario ed altre pitture, opere del cappuccino P. Dionigi d’Adrano. Nel 1994, su progetto di Mons. Valerio Vigorelli della Scuola Beato Angelico di Milano, fu ristrutturato il presbiterio nel rispetto delle norme liturgiche. La sagrestia è opera di Fr. Gregorio da Mascalucia. 

Il convento di Messina è stato costantemente sede della Curia provinciale dei Cappuccini della omonima Provincia, nonché luogo di formazione alla vita religiosa e sede dello Studio Filosofico e Teologico per i Frati dell’Ordine. Tuttora esso ospita la preziosa Biblioteca Provinciale dei Frati Minori Cappuccini di Messina. La vita interna del Convento si contraddistingue anche per la presenza in esso della Infermeria provinciale. 

A livello ministeriale la presenza messinese dei Frati Cappuccini si esprime nella cura pastorale della Parrocchia eretta nella Chiesa del loro convento l’8 maggio 1917, ma grande è stato il loro fervore apostolico quali Cappellani del lavoro (Cantieri navali e FS) e particolarmente nel servizio agli ammalati, soprattutto come Cappellani negli Ospedali della Città: Piemonte e Margerita, Policlinico Universitario, Ospedale Papardo, ecc. Ancora negli ultimi decenni i Cappuccini hanno operato in diverse parrocchie della periferia di Messina (Minissale, Villaggio UNRRA, Santo Stefano Briga), si sono dedicati al ministero della predicazione e delle confessioni, all’assistenza spirituale ad Istituti religiosi, alla animazione degli universitari cattolici (la FUCI) e della AGESCI, all’insegnamento nelle Scuole statali ed ecclesiastiche. 
Tradizionalmente, al lavoro dei frati sacerdoti si affiancava quello, non meno prezioso, dei fratelli laici, i questuanti. Essi capillarmente raggiungevano tutti gli ambienti cittadini non solo per chiedere l’elemosina, ma soprattutto per recare conforto e consolazione. I fratelli questuanti esercitavano un peculiare apostolato che li rendeva amici di tutti e apriva loro le case sia dei ricchi che dei poveri, rendendoli consiglieri spirituali di una moltitudine di persone, alle quali trasmettevano il carisma francescano e la devozione alla Madonna di Pompei. Grazie alla loro umile e fervente azione apostolica, tuttora a Messina i Cappuccini sono identificati come “i Frati di Pompei”.

Arte: La piccola Chiesetta dell’antico Convento sul Colle dei Cappuccini, dove ora sorge l’Istituto “Ignatianum”, era ricca di opere di artisti famosi: Natività (1606) di Caravaggio (1571-1610) ordinatagli dal Senato di Messina e donata ai Cappuccini; Madonna col Bambino tra S. Pietro e S. Giovanni Evangelista, tavola di scuola Antonelliana attribuita a Salvo d’Antonio (sec. XV); Stimmatizzazione di S. Francesco d’Assisi di Filippo Paladini (1544-1614); Il miracolo della vedova di Naim, dipinto seicentesco di Mario Minniti (1577-1640); La Madonna degli Agonizzanti con S. Francesco di P. Feliciano (Guarcena) da Messina (1610-1663); La Trasfigurazione e l’ultima Cena di P. Umile (Imperatrice) da Messina (1592-1681), ecc. Il tabernacolo o Custodia, minuziosamente decorato da intarsi in madreperla, opera che, secondo La Corte Cailler, fu realizzata da Fr. Mariano Tatì da Francavilla (1809-1888) nella prima metà dell’800. Dello stesso Fr. Mariano Tatì da Francavilla era anche la Sacrestia. Tutte le opere artistiche della antica Chiesa dei Cappuccini nel 1885, con determinazione ministeriale del 22 novembre, vennero cedute al Civico Museo (oggi: Museo Regionale), dove attualmente si trovano, ad eccezione di qualcuna che andò distrutta nel terremoto del 1908.