Anno di fondazione: 1584
Anno di soppressione civile: 1866
Riapertura: 1901
Titolo: Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria (1° Convento) - Assunzione della Beata Vergine Maria (2° convento)

Storia: Il Convento fu preso e fondato da P. Ludovico da Catania nel 1584 su richiesta dei Giurati e fu edificato alla porta dell’entrata della Città. Terminato nel 1599, il Visitatore Generale P. Bonaventura da Catanzaro dispose che i Frati consegnassero il Convento al Vescovo di Lipari Mons. Alfonso Vidal, che era stato Frate Osservante, che  lo diede ai frati Osservanti di Reggio. I frati quindi lasciarono Lipari. Ma il popolo accolse con dispiacere  la partenza dei Frati, e cominciò a fare pressioni presso i Ministri provinciali, perché essi i Frati ritornassero a Lipari;  finalmente ottennero quanto desiderato e, nel 1646, furono iniziati i lavori della costruzione del secondo Convento. Nel corso degli anni il Convento fu a mano a mano dotato di tutte quelle strutture necessarie per la vita dei Frati, fra cui la Libraria, che fu arricchita dai volumi donati dal Vescovo di Lipari Mons. Francesco Arata, sette anni prima della sua morte. Con la soppressione del 1866, i Frati dovettero abbandonare il Convento, che dal Fondo Culto fu concesso, nel 1867, su richiesta del Sindaco del tempo, al Comune di Lipari. L’orto fu trasformato in cimitero, e parte del Convento fu demolito. Il Rettore della Chiesa era un Frate, e la cura di essa si protrasse fino  al 1893, quando morì l’ultimo Frate di Lipari, P. Fedele da Lipari [1826-1893]. Il Convento fu riaperto nel 1901. Nel 1977 fu soppresso definitivamente. Durante questo periodo i Frati si erano preso cura della parrocchia di Portosalvo e della Parrocchia di S. Giuseppe.
Nel 2004 l'edificio sacro è stato interessato da alcuni restauri disposti dalla Soprintendenza. Il Fondo Edifici di Culto ovvero l'ente del Ministero dell'Interno preposto per la tutela, la conservazione e il restauro degli edifici di culto, stanziò i fondi per il recupero del tempio. Concessa in uso all'Arcidiocesi di Messina, Lipari e Santa Lucia del Mela.
Il 2 novembre 2016 dopo 16 anni di chiusura per restauri, il tempio è stato riaperto al culto.
Arte: Dipinto raffigurante: L’Immacolata, Santi e Cherubini,  di P. Fedele di S. Biagio, cappuccino del 1794; Custodia del SS. Sacramento, legno, realizzata da catanese Nicolò Daniele (dopo il 1757), Altare maggiore, legno, opera di Fra Felice e Fra Serafino da Acireale, sec. XVII-XVIII;  Polittico raff.: Maria, S. Giovanni, due Angeli e Dio Padre, olio su tela, del sec. XVIII (prima metà); Crocifisso, legno scolpito e dipinto, sec. XVIII (prima metà);  Dipinto raff: San Felice da Cantalice, olio su tela, del sec. XVIII di Giovanni Sacerdote Russo; Dipinto raff: S. Francesco d’Assisi, olio su tela, del sec. XVII-XVIII; Armadio da sacrestia, legno intagliato e intarsiato, sec. XVIII; Paliotto con il Crocifisso, cuoio, del sec. XVIII.